La gestion des milieux aquatiques est une compétence récente pour les collectivités territoriales néanmoins, la question de l’eau a fait l’objet de plusieurs réglementations dans le droit français depuis 1964, première loi française (16 décembre 1964) qui organise la gestion de l’eau par bassin versant. Puis, ont suivi, les lois du 29 juin 1984 dite « Loi Pêche » et du 3 janvier 1992 dite « loi sur l’eau ». Cette dernière a notamment mis en place des outils de planification à l’échelle des grands bassins versants (comme Loire-Bretagne) et des sous-bassins versant (comme l’Allier Aval).

Il s’agit des SDAGE (Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux) et des SAGE (Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux). Ensuite, la Directive Cadre Européenne sur l’eau (DCE) du 23 octobre 2000, a donné une autre dimension à la gestion de l’eau en établissant un cadre à l’échelle européenne. Elle fixe des objectifs, un calendrier et une méthode de travail communs aux Etats Membres de l’Union Européenne. Cette directive a été transposée en droit français sous la loi du 21 avril 2004. Puis la loi sur l’eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 reprend le cadre global des lois précédentes et inclus notamment les notions liées à la DCE avec l’atteinte du bon état des masses d’eau et les outils à mettre en œuvre.